Die Höhe der vier östlichen Freipfeiler variiert zwischen 2,50 m und 2,64 m, abhängig vom Fußbodenniveau.¹⁵² Der Durchmesser der Pfeilertrommel beträgt über 1,40 m,¹⁵³ so dass die Pfeiler sehr gedrungen wirken (Abb. 57).
Der Scheitelpunkt der frühgotischen Arkaden unterhalb der Westempore liegt in etwa 4,70 – 4,80 m Höhe.¹⁵⁴ Die Arkaden ruhen jeweils auf einer Konsole der Westwand sowie auf  dem westlichen Dienst der Pfeiler B2 und C2. Die Konsolen entstammen wohl der gleichen Bauperiode wie die Pfeilerkapitelle des Langhauses und zeigen somit an, „dass die Grundrissanordnung mit dem in das Langhaus einschneidenden Westturm schon auf den älteren Bestand zurückgeht.“¹⁵⁵

 

Abb. 57: Walpurgiskirche, kantonierter Pfeiler [+]		Abb. 127: Walpurgiskirche, abgefaste Arkade der frühgotischen Basilika unterhalb der Westempore [+]

 

Die Arkaden sind zu den Seitenschiffen hin abgefast, die Mittelschiffsseite ist unter dem starken Gewölbe verborgen, das die Empore unterfängt (Abb. 127). Die Arkaden sind an dieser Stelle nur einfach ausgebildet, nicht zweifach gestuft.  Es fällt jedoch auf, dass der Rundpfeiler abgearbeitet ist und durchaus Auflagefläche für einen dort beginnenden Arkadenbogen geboten hätte. 

Auf der Ostseite des Pfeilers B2 hat sich der Ansatz eines gestuften und abgefasten Scheidebogens erhalten, wenn auch auf der Nordseite durch den Emporeneinbau beschädigt (Abb. 128).  Der auf dem Dienstkapitell aufsetzende Unterzug ist nur in Richtung Seitenschiff abgefast, doch scheint es sich hier um eine Überarbeitung zu handeln. Wie in der Seitenansicht deutlich zu erkennen, sitzt der Unterzug nicht auf der Kante des Dienstkapitelles, sondern ist abgearbeitet und daher nach hinten versetzt (Abb. 129). Der ursprüngliche Unterzug muss sicherlich beidseitig abgefast gedacht werden, da die Deckplatten der Kapitelle mehrheitlich halbrund sind, nur  die Kämpfer unterhalb der Westempore und der Kämpfer des Dienstes B2-ost sind rechteckig.

 

Abb. 128: Walpurgiskirche, Ansatz von Arkade und Unterzug auf Pfeiler B2, von Osten [+]

 

 

Der in Richtung Mittelschiff auf dem Rundpfeiler aufsetzende Arkadenbogen ist abgefast. Auf der Seitenschiffsseite ist der Arkadenbogen wohl symmetrisch zu ergänzen. Michler gibt zu bedenken, dass in diesem Falle die Obergadenwand eine größere Stärke aufgewiesen habe und nachträglich abgearbeitet worden sein müsste.¹⁵⁶ Dafür spräche, dass die gedrungenen Rundpfeiler auf den Seitenschiffsseiten große freie Auflageflächen aufweisen (Abb. 130). Dort könnte eine breitere Wand aufgelagert gewesen sein, aus der dann die Profilstufe ausgeschnitten wurde. Die Strebepfeiler im Südseitenschiff würden aus dieser Mauer dann nur wenig hervortreten, so wie es, für die Frühgotik kennzeichnend, auch in Geißnidda zu beobachten ist (Abb. 131). Ein asymmetrischer Aufbau der Bögen wäre ungewöhnlich, zweifach gestufte Arkadenbögen sind in aller Regel symmetrisch aufgebaut, wie auch in der Mainzer Christophskirche oder der Minoritenkirche in Köln zu sehen.

Die mittelschiffsseitigen Dienstkapitelle steigen ohne Unterbrechung vom Boden auf, ihre Kämpfer liegen in etwa 5,30 m Höhe.¹⁵⁷ Die Kapitelle liegen kurz oberhalb des Scheitelpunktes der Arkaden und etwa auf halber Höhe der gut 10 m hohen Mittelschiffswand.  Die Obergadenfenster sind etwa 2 m hoch, ihr Scheitel liegt etwa 0,5 m unterhalb des Gewölbescheitels.¹⁵⁸ Ein nach diesen Maßen angefertigter Längsschnitt durch das Langhaus (Abb. 132) korrespondiert mit Michlers Rekonstruktion (Abb. 7). Deutlich erkennt man die außergewöhnlich gedrungenen kantonierten Pfeiler, die weitgehend ungegliederte Sargwand und weit nach oben gerückte Obergadenfenster.
Die im Südseitenschiff erhaltenen Strebepfeiler machen eine Wölbung des Mittelschiffes der frühgotischen Basilika wahrscheinlich. Es spricht einiges dafür, dass die geschärften Rundstäbe der Gewölbeanfänger bauzeitlich sind, die gekehlten Rippen und der Schildbogen erst später ausgeführt wurden.¹⁵⁹ Vorstellbar wäre demnach, dass das frühgotische Mittelschiff kreuzrippengewölbt war, Rippen und Gurte gleichermaßen als geschärfter Rundstab ausgebildet waren.
Im Bereich der Seitenschiffe ist durch die Ausgrabungen nur ihre ursprüngliche lichte Breite von etwa 3,20 bis 3,30 m geklärt,¹⁶⁰ Rekonstruktionen des aufgehenden Mauerwerkes und der Wölbung müssen spekulativ bleiben. Mengel geht von kreuzrippengewölbten Seitenschiffen aus (Abb. 9 und 10). Michler rekonstruiert, wohl in Anlehnung an die Lösung im später umgebauten südlichen Seitenschiff, Wanddienste, auf denen das Gewölbe beginnt (Abb. 7). Denkbar wäre neben einer flachen Decke auch eine Lösung wie in Geißnidda, wo die Seitenschiffe Kreuzgrat-gewölbe aufweisen, die an den Außenwänden auf Konsolen ruhen (Abb. 140).